Stanowiska

Wysokorozdzielczy spektrometr mas z analizatorem ruchliwości jonów, sprzężony z chromatografem cieczowym.

  • Spektrometr mas timsTOF Pro wyposażony w analizator ruchliwości jonów to zaawansowany instrument analityczny umożliwiający dokładny pomiar mas, identyfikację i oznaczanie ilościowe związków niskocząsteczkowych takich jak metabolity wtórne i lipidy. System ten, dzięki wysokiej czułości i szybkiej akwizycji widm fragmentacyjnych MS/MS jest platformą wybieraną do badań metabolomicznych i lipidomicznych z użyciem technologii PASEF.
  • Spektrometr mas jest sprzężony z wysokociśnieniowym chromatografem cieczowym, co umożliwia rozdział i analizę związków w złożonych mieszaninach. Zapewnia również zautomatyzowany pomiar setek prób w jednym zestawie analitycznym.
  • Portal Multiomic Stats https://muss.nebi.psnc.pl/ dedykowany jest przetwarzaniu i analizie ilościowej danych typu „Big Data” i umożliwia analizy statystyczne oraz wizualizację wyników uzyskanych z badań metabolomicznych a także transkryptomicznych i proteomicznych.

    • STED (Mikroskopia wymuszonego wygaszania emisji z ang. Stimulation Depletion Microscopy) – 2D i 3D, obrazowanie wielokolorowe
    • MINFLUX (Mikroskopia Minimalnych Strumieni Fotonów z ang. Minimal Photon Flux) – 2D i 3D, obrazowanie wielokolorowe, tracking/śledzenie
    • FLIM (Mikroskopia obrazowania czasu życia fluorescencji z ang. Fluorescence Lifetime Imaging)
    • FCS (Spektroskopia korelacji fluorescencji z ang. Fluorescence Correlation Microscopy)
    • Projektowanie eksperymentu
    • Przygotowanie wniosku o dofinansowanie
    • Przeprowadzenie eksperymentu: przygotowanie preparatów, pomiar, analiza danych
    • Kompleksowe doradztwo w zakresie badań ukierunkowanych na pojedyncze cząsteczki

Mikroskop / System superrozdzielczy Minflux (Abberior) – wyposażony w zaawansowaną aparaturę pomiarową obsługującą techniki obrazowania STED, MINFLUX, FLIM oraz FCS. 

Inkubatory CB 170 (Binder) – inkubatory z regulacją stężenia CO2 (w zakresie 0-20%) i O2 (w zakresie 0,2-20%).

Komory laminarne BR 1.2 COMFORT (BioTectum) – komory zapewniające II klasę bezpieczeństwa mikrobiologicznego.

Wirówka wysokoobrotowa 5910 R (Eppendorf) – urządzenie z zestawem akcesoriów do wirowania probówek 1,5 mL/2 mL/5 mL/15 mL/50 mL i płytek.

Wirówka wolnoobrotowa 5702 R (Eppendorf) – urządzenie z zestawem akcesoriów do wirowania probówek 1,5 mL/2 mL/15 mL/50 mL.

System superrozdzielczy Minflux (Abberior) będący częścią naszej infrastruktury wyposażony jest w zaawansowaną aparaturę pomiarową obsługującą techniki STED, MINFLUX, FLIM oraz FCS. STED czyli Stimulated Emission Depletion Microscopy jest metodą super- rozdzielczą osiągająca rozdzielczość ok. 40 nm. Nasz system wyposażony jest w dwa lasery STED o długości 595 nm oraz 775 nm. Podczas pomiarów, lasery STED są odpowiednio kombinowane z laserami wzbudzenia. Obecność czterech laserów o długościach 405nm, 488 nm 561 nm oraz 640 nm umożliwia na elastyczny dobór znaczników fluorescencyjnych.

Techniką o wyższej rozdzielczości, która jest dostępna w naszym systemie jest technika MINFLUX. Do obrazowania dostępne są trzy lasery: 488 nm, 561 nm oraz 640 nm, umożliwiając zastosowanie również niekonwencjonalnych znaczników. Układ umożliwia lokalizację znaczników fluorescencyjnych z 2 nm rozdzielczością oraz śledzenie ruchu po komórce oznakowanych celów molekularnych. Dodatkowo mikroskop jest uzbrojony w układ umożliwiający obrazowania czasu życia fluorescencji metodą FLIM oraz układ spektroskopii korelacji fluorescencji FCS.Technika FLIM pozwala na stosowanie znaczników fluorescencyjnych, zmieniających parametr czasu życia fluorescencji w odpowiedzi na obecność badanego parametru, natomiast technika FCS umożliwia badanie parametrów takich jak współczynnik dyfuzji. System super-rozdzielczy jest potężnym narzędziem potrafiącym zobrazować procesy biologiczne z niespotykaną wcześniej szczegółowością pozwalając dogłębnie zrozumieć podstawy życia.

  • Automatyczny mikrotom wibrujący VT1200 S (Leica) – urządzenie przeznaczone do automatycznego lub półautomatycznego cięcia świeżych preparatów tkanek roślinnych i zwierzęcych.
  • Siekacz tkanek McIllwain Tissue Chopper – urządzenie służące do cięcia świeżej lub utrwalonej tkanki, odpowiednie do rozdrabniania fragmentów trudnych do przecięcia klasycznymi metodami.
  • Automatyczny licznik komórek EVE™ (NanoEnTek) – aparat umożliwiający automatyczny pomiar liczby komórek oraz określanie ich żywotności, kompatybilny z szerokim zakresem rodzajów komórek (w tym komórki macierzyste z tkanek i krwi, linie komórkowe).
  • Urządzenie do enkapsulacji pojedynczych komórek Chromium Controller (10x Genomics) – zautomatyzowany system mikroprzepływowy, umożliwiający rozdzielenie zawiesiny komórek na niezależne mikrokapsuły, zawierające unikatowe znaczniki oligonukleotydowe oraz wszystkie enzymy niezbędne do wstępnego przygotowania materiału do przeprowadzenia analiz transkryptomu i chromatyny pojedynczych komórek.
    Chromium Controller
    Chromium Controller
  • Ultrawirówka XPN 100 (Beckman Coulter) – ultrawirówka z zestawem do formowania gradientów.

  • FACSAria™ Fusion
    FACSAria™ Fusion

    Sorter komórek BD FACSAria™ Fusion (Becton Dickinson) – wysoce wydajny sorter komórek, wyposażony w lasery 405, 488, 561 i 640 nm, z możliwością sortowania do probówek, na płytki wielodołkowe i szkiełka mikroskopowe.



  • Cytometr przepływowy z obrazowaniem Cytek ImageStreamX Mk II (Cytek Biosicences) – zaawansowany cytometr przepływowy, wyposażony w lasery 405, 488, 561 i 642 nm, ze zintegrowaną funkcją mikroskopu. Umożliwia wysokoprzepustowe obrazowanie indywidualnych obiektów stanowiących część wielotysięcznych populacji. Urządzenie posiada oprogramowanie wykorzystujące algorytmy uczenia maszynowego, do wieloparametrycznej analizy danych obrazowych, w tym do oceny apoptozy, kolokalizacji, internalizacji, zmian kształtu komórek, lokalizacji jądrowej i cyklu komórkowego.
    Cytek ImageStreamX Mk II
    Cytek ImageStreamX Mk II
  • Zautomatyzowany mikroskop fluorescencyjny BZ-X800 (Keyence) – mikroskop charakteryzujący się możliwością wysokorozdzielczego obrazowania w świetle przechodzącym, we fluorescencji oraz kontraście fazowym, z możliwością optycznego sekcjonowania, wraz z oprogramowaniem do m.in. zszywania obrazów, odtwarzania obrazu w 3D i analiz przyżyciowych.
  • Półautomatyczny system do enkapsulacji pojedynczych komórek Drop-Seq (Fluigent) – urządzenie mikroprzepływowe, stanowiące otwartą platformę do tworzenia różnorodnych emulsji typu woda w oleju, wraz z modułem do wizualizacji.
  • Urządzenie do automatycznej elektroforezy żelowej DNA i RNA 4150 TapeStation System (Agilent Technologies) – system do analiz ilościowych i jakościowych kwasów nukleinowych.
    4150 TapeStation System
    4150 TapeStation System
  • Urządzenie do elektroforezy z możliwością elucji frakcji o pożądanej długości BluePippin (Sage Science) – urządzenie rozdzielające DNA na zasadzie elektroforezy agarozowej, z funkcją  elektroforezy pulsacyjnej i możliwością elucji frakcji DNA o długości zadanej przez użytkownika.
    BluePippin
    BluePippin
  • Stacja pipetująca epMotion® 5073t (Eppendorf) – automatyczny system do wysoce precyzyjnego pipetowania cieczy do różnorodnych zastosowań w technikach biologii molekularnej.
    epMotion® 5073t
    epMotion® 5073t

UŻYWANE TECHNOLOGIE

Używane technologie

Analizator ruchliwości jonów wychwytywanych (TIMS). Połączenie spektrometru z  wysokosprawnym chromatografem.

  • Spektrometr mas timsTOF Pro wyposażony w analizator ruchliwości jonów to zaawansowany instrument analityczny umożliwiający dokładny pomiar mas, identyfikację i oznaczanie ilościowe związków niskocząsteczkowych takich jak metabolity wtórne i lipidy. System ten, dzięki wysokiej czułości i szybkiej akwizycji widm fragmentacyjnych MS/MS jest platformą wybieraną do badań metabolomicznych i lipidomicznych z użyciem technologii PASEF.
  • Spektrometr mas jest sprzężony z wysokociśnieniowym chromatografem cieczowym, co umożliwia rozdział i analizę związków w złożonych mieszaninach. Zapewnia również zautomatyzowany pomiar setek prób w jednym zestawie analitycznym.
  • Portal Multiomic Stats https://muss.nebi.psnc.pl/ dedykowany jest przetwarzaniu i analizie ilościowej danych typu „Big Data” i umożliwia analizy statystyczne oraz wizualizację wyników uzyskanych z badań metabolomicznych a także transkryptomicznych i proteomicznych.

 

  • O rozdzielczości czasowo-przestrzennej i czułości kilka-kilkanaście razy większej niż obecnie stosowane mikroskopy super-rozdzielcze, który umożliwi badanie oddziaływań i kolokalizacji pojedynczych cząsteczek (także małych cząsteczek) in vitro (w izolowanych układach jak i pojedynczych komórkach) z nieosiągalną dotąd precyzją oraz ich śledzenia w układzie 3D.
  • Inkubatory do laboratorium przygotowania próbek dla Mikroskopu Super-rozdzielczego z kontrolą atmosfery w celu umożliwienia także m.in. symulacji warunków hipoksyjnych charakterystycznych dla wielu patologii (jeden dla komórek ludzkich, drugi dla innych komórek eukariotycznych, w celu zminimalizowania niebezpieczeństwa cross-kontaminacji).
  • Komory laminarne do laboratorium przygotowania próbek dla Mikroskopu Super-rozdzielczego (jeden dla komórek ludzkich, drugi dla innych komórek eukariotycznych, w celu zminimalizowania niebezpieczeństwa cross-kontaminacji).
  • Wirówki do laboratorium przygotowania próbek do Mikroskopu Super-rozdzielczego (jeden dla komórek ludzkich, drugi dla innych komórek eukariotycznych, w celu zminimalizowania niebezpieczeństwa cross-kontaminacji).

  • Mikrotom posiadający oscylujące ostrza pozwalający na przygotowanie skrawków o wysokiej jakości. Posłuży do przygotowania zawiesiny pojedynczych komórek z tkanek/biopsji w celu odpowiedniej selekcji komórek.
  • Homogenizator tkanek, szczególnie użyteczny w przygotowaniu małych próbek z tkanek  lub biopsji. Aparat zapewnia możliwość otrzymania skrawków o różnej grubości, zautomatyzowanie przesuwu stolika, regulowaną prędkość przesuwu.
  • Automatyczny licznik komórek- posłuży do szybkiego i dokładnego szacowania ilości komórek o różnej wielkości w zależności od źródła materiału badanego oraz jednoczesnej oceny żywotności komórek. Licznik EVE jest też niezbędny do analizy i zlaiczania mikrokulek przed analizą typu drop-seq oraz inDrop.
  • Aparat pozwalający na wysokoprzepustowe wyłapywanie pojedynczych komórek (10 000/eksperyment) i głębokich analiz transkryptomu, chromatyny, oraz genomu, z uwzględnieniem wariantów SNP.Kompatybilny ze screenami CRISPR. Możliwość analizy 8 prób jednocześnie w krótkim czasie (20 minut), co jest kluczowe dla utrzymania żywotności i integralności komórek w zawiesinie. W pełni zautomatyzowany i zintegrowany system, dedykowany software dostarczany wraz ze sprzętem lub bezpłatny (opensource), możliwość pracy z cennym materiałem biologicznym tj. małą ilością komórek w wyjściowej zawiesinie (<30 000). Możliwość wychwytywania cząsteczek RNA poza ogonem poli(A) czyni go unikalnym pośród innych platform scRNA seq.
  • Ultrawirówka do frakcjonowania elementów składowych komórek poprzez filtrację w gradiencie w celu przygotowania ich do analizy multiomicznej.
  • Urządzenie do sortowania komórek wyposażone w 7 laserów, w zakresie 355 – 645 nm umożliwiający sortowanie populacji pod względem sześciu cech jednocześnie oraz analizę do 44 parametrów. 

  • Aparat do obrazowej cytometrii przepływowej to wysokoprzepustowy, wieloparametryczny system łączący możliwości konwencjonalnej cytometrii przepływowej z informacjami o strukturze i funkcji komórki.Aparat jest w stanie generować wielokanałowe (fluorescencyjne, jasne i ciemne pole) cyfrowe obrazy setek tysięcy pojedynczych komórek w ciągu zaledwie kilku minut. Sprawia to że aparat ten może analizować profile komórkowe całych organów i organoidów pod katem zmian chorobowych, może analizować rzadkie typy komórek, fazy cyklu komórkowego, stany pośrednie komórek (różnicowanie i przeprogramowanie), lokalizację procesu w komórce, może kwantyfikować składniki komórki: białka, DNA, RNA, lipidy, glikoproteiny i organelle takie jak jądro, mitochondria i inne.
  • Mikroskop charakteryzujący się możliwością wysokorozdzielczego obrazowania w świetle  przechodzącym, we fluorescencji oraz kontraście fazowym, z możliwością optycznego sekcjonowania wraz z oprogramowaniem do zszywania obrazów (ang. image XY-stitching), Z-stack, odtwarzania obrazu w 3D, analiz przyżyciowych (ang. live imaging).Posłuży do walidacji i kontroli jakości komórek w zawiesinie, oceny przeżywalności komórek, kontroli jakości mikrokulek hydrożelowych i żywicznych opłaszczonych oligonukleotydami DNA do wychwytu cząsteczek RNA oraz kontroli jakości enkapsulacji, w szczególności wielkości mikrokropel oraz ilości mikrokulek w pojedynczych mikrokroplach. Wbudowana pokrywa ciemniowa chroniaca źrodlo światła oraz preparat umozliwia umieszczenie i prace z mikroskopem w świetle dziennym, bez konieczności pracy w ciemni, co jest szczególnie przydatne w przypadku procedur otrzymania wysokiej jakości materiału biologicznego do badań scRNA seq.
  • Pół-automatyczny system oparty na enkapsulacji pojedynczych komórek wraz hydrożelowymi mikrokulkami opłaszczonymi oligonukleotydami w mikrokroplach; system do wyłapywania poliadenylowanych oraz celowanych cząsteczek RNA poza ogonem poli(A), charakteryzujący się wysokim poziomem enkapsulacji i wychwytu pojedynczych komórek.System powinien zostać zakupiony wraz z testowymi mikrokulkami hydrożelowymi.
  • Aparat do weryfikacji wielkości oraz ilości bibliotek na różnych etapach syntezy metodą elektroforezy kapilarnej.System zawiera instrument pomiarowy oparty na elektroforezie kapilarnej w paskach żelowych, komputer oraz dedykowany software. Możliwość analizy próbek o bardzo niskiej zawartości materiału DNA lub RNA typowej w pracy z pojedynczymi komórkami i schematami scRNA seq.
  • Aparat do selekcji pofragmentowanej biblioteki na podstawie wielkości fragmentów DNA (ang. size selection).Zautomatyzowana metoda elektroforetyczna do pracy z materiałem o niskim stężeniu wyjściowym.
  • Automatyczna stacja pipetująca kompatybilna z systemami NGS do automatycznej syntezy bibliotek. Zawiera moduły: CleanCap, MultiCon PC, moduł termiczny C2, narzędzia dozujące oraz akcesoria specyficzne dla NGS np. uchwyt na worek na odpady oraz specyficzne dla NGS 96-dołkowy termoadapter do reakcji PCR.