Stanowiska wirtualne i analizy
Udostępniamy stanowiska wirtualne bazujące na infrastrukturze informatycznej do budowy i integracji baz danych biologicznych, analiz obrazów 3D wysokiej rozdzielczości, wsparcia nowych technik obrazowania z wykorzystaniem wirtualizacji i zaawansowanego modelowania oraz wizualizacji procesów biologicznych oraz biomedycznych. Budowana infrastruktura informatyczna w Poznańskim Centrum Superkomputerowo Sieciowych ICHB PAN i Mikołajkach zgodna jest z założeniami europejskiej infrastruktury Euro-Bioimaging (https://www.eurobioimaging.eu/) w zakresie gromadzenia, przetwarzania i udostępniania danych bioobrazowych stanowiąc tym samym istotny węzeł dla krajowych użytkowników, zespołów badawczych i różnych sektorów gospodarki.
Stanowiska wirtualne do gromadzenia, przetwarzania i udostępniania danych bioobrazowych obejmują:
Zestaw serwerów o dużej mocy
Serwery o dużej mocy i wydajności do analizy strumieniowych danych obrazowych. Zestawy sprzętowe bazują na rozwiązaniach sprzętowych z uwzględnieniem potencjalnej konieczności funkcjonalnej heterogeniczności wybranych zasobów obliczeniowych, w tym akceleratorów sprzętowych udostępnionych w ramach infrastruktury w różnych geograficznych lokalizacjach.
Zestaw pamięci masowej
Serwery dla przechowywania rozproszonych danych obrazowych generowanych przez aparaturę laboratoryjną do obrazowania procesów biologicznych i biomedycznych. Zestawy pamięci masowej zapewniają odpowiedni poziom jakości świadczonych usług dla użytkowników poprzez zabezpieczenie cennych danych obrazowych z użyciem mechanizmów replikacji w ramach poszczególnych lokalizacji oraz synchronizacji danych pomiędzy geograficznie rozproszonymi lokalizacjami.
Portal Multiomic Stats
Portal Multiomic Stats to dedykowana usługa przetwarzania i analizy ilościowej danych typu „Big Data”, która umożliwia analizy statystyczne oraz wizualizację wyników uzyskanych z badań metabolomicznych, a także transkryptomicznych i proteomicznych z wykorzystaniem zestawów serwerów o dużej mocy i pamięci masowej w infrastrukturze Krajowego Ośrodka Badań Obrazowych w Naukach Biologicznych i Biomedycznych.
Pakiety aplikacyjne udostępnione w ramach wirtualnych stanowisk pracy:
| Nazwa | Domena | Tagi | Wyniki |
|---|---|---|---|
| cryosparc | bio-imaging, medical-imaging | stand-alone, manual | |
| regularised-likelihood-optimisation-relion | bio-imaging, medical-imaging | stand-alone, manual | - |
| fiji-imagej | bio-imaging, medical-imaging | stand-alone, manual | - |
| cellprofiler | screening, bio-imaging, medical-imaging | feature extractions, image classification, automated, manual | - |
